Proteonano™与Evosep双平台联合实现蛋白组学全流程自动化检测
通过建立 Proteonano 与 Evosep 双平台联合自动化实验方案， 能够为蛋白质组学大队列实验带来极高的通量和稳定性，为万人级别的质谱蛋白质组学提供技术支撑。
使用 Proteonano™高通量蛋白组学分析系统进行血浆样本的低丰度蛋白富集自动化处理， 样本为健康人混合血浆，Nanomation™ Lite 高通量自动化前处理设备配置 Evotip 对富集后的肽段进行除盐， 再使用 Evosep One 串联 timsTOF Pro2 进行标准梯度质谱分析。整体流程示意图如下 ：
鉴定量：
使用 Proteonano™ Lite 平台对 40 μL 健康人混合血浆样本进行低丰度蛋白富集处理，通过 Evosep One 串联 timsTOF Pro 2进行质谱分析，结果显示 300 ng 上样量 30 SPD 梯度条件下，能够检测到 2463 种蛋白。与同样样本在 timsTOF Pro 2 上 24SPD（60 min）梯度的鉴定量（~2800）接近。
覆盖 HPPP（人类血浆蛋白组数据库）比例:
基于 Proteonano™ Lite 平台联用 Evosep 平台鉴定到的蛋白与人类血浆蛋白组数据库（Human Plasma Proteome Project, HPPP）数据库进行对比， 结果显示， 在 timsTOF Pro 2 上可检测到的蛋白质覆盖 HPPP 数据库 1733 个蛋白质， 其中 50% 的蛋白质浓度低于 10 ng/mL。而且， 此次检测在 HPPP 数据库之外还检测到了766 个蛋白质。
动态范围:
同时， 本次实验检测到的蛋白质丰度范围超过了 9 个数量级， 相对于传统方法， 鉴定深度提升了接近 10,000 倍 ; 从图五可以观察到一些与衰老和 AD 等神经性退行疾病相关的蛋白浓度在 10 ng/mL 以下，均属于低丰度蛋白。
