Proteonano™ 平台在不同质谱仪血浆蛋白组的表现
本文中我们使用 Proteonano™ 高通量蛋白组学标准化分析系统，使用健康人混合血浆样本，评估其在不同厂家的高分辨质谱仪上性能表现， 为高通量血浆蛋白组学在不同质谱仪上建立标准分析流程，为多重蛋白标志物发现和转化提供可行性方案。
Proteonano™ 高通量标准化蛋白组学平台
使用 Proteonano™ Kit 试剂盒及 Pro Suite 高通量蛋白组学分析系统， 仅需 ng 级别蛋白上样量， 就可实现蛋白的深度覆盖。在Orbitrap Exploris 480、 timsTOF Pro 2 和 Orbitrap Astral 平台上分别以 200 ng、 300 ng、 500 ng 进样量进行质谱上样分析， 不同质谱平台采用不同液相梯度，使用 Swissprot 数据和 DIA-NN 进行数据解析（见图一、表一）。
结果显示：
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rbitrap Exploris 480 平台针对血浆样本蛋白鉴定数量结果为 2320 种蛋白 ；
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tims TOF Pro 2 平台针对血浆样本蛋白鉴定数量结果为 2914 种蛋白 ；
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Orbitrap Astral 平台使用 13 min 梯度针对血浆样本蛋白鉴定数量结果为 3755 种蛋白 ；
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OrbitrapAstral 平台使用 8 min 梯度蛋白鉴定数量结果为 2986 种蛋白。
我们把不同质谱平台 （Orbitrap Exploris 480、 timsTOF Pro 2 和 Orbitrap Astral） 鉴定到的蛋白与人类血浆蛋白组数据库（Human Plasma Proteome Project, HPPP） 数据库进行分析。结果显示 （见图五）， 基于 Proteonano™ 平台在 Orbitrap Astral、Orbitrap 480、timsTOF Pro2 上可检测到的蛋白质覆盖 HPPP 数据库中大约 50% 的蛋白质，其中有 1690 种蛋白被三个质谱仪同时检测到。这也体现了不同质谱仪之间存在的差异和互补性。
